总结：linux笔记-003
linux相关基础知识梳理
发布时间：2022-11-28
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机器学习遇到单细胞组学：Perturbation Modeling
预测扰动模型的建立就是为了捕获生物相关性，让模型去预测一些未知事件，从而减少药物开发时的费用，如果模型捕获基因干扰因素影响的特征，那么这些模型就能对病人对药物的敏感性做出解释和预测，目前通过单细胞转录...
发布时间：2022-11-28
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【SubPhaser-多倍体亚基因组分型流程解读】
写本篇文章，主要目的是从tmp文件和软件运行信息解读亚基因组分型分析。 进入tmp文件夹之后，其实就可以看到对应的文件： 如何查看什么步骤产生了怎么样的结果文件？ 上述在进行SubPhaser试运行的时候，使用了nohup...
发布时间：2022-11-28
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Rosalind Java|Enumerating k-mers Lexicographically
Rosalind编程问题之排列组合字母的K-mers。 Enumerating k-mers Lexicographically Problem： Assume that an alphabet A has a predetermined order; that is, we write the alphabet as a permutation A=(a1,a2,…...
发布时间：2022-11-28
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用k-mer分析进行基因组调查：（二）用jellyfish进行k-mer频数统计
介绍jellyfish，用jellyfish做基因组调查(genome survey)的k-mer频数统计。
发布时间：2022-11-28
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用k-mer分析进行基因组调查(genome survey)：（三）用KMC进行k-mer频数统计
介绍KMC，用KMC做基因组调查(genome survey)的k-mer频数统计。
发布时间：2022-11-28
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用k-mer分析进行基因组调查：（四）用GenomeScope评估基因组特征
用GenomeScope1.0评估二倍体物种的基因组大小、杂合度、重复率等基因组特征，用GenomeScope2.0评估多倍体物种的基因组大小、杂合度、重复率、基因型比例和基因组结构(同源/异源多倍体)等基因组特征，用Smudgeplot...
发布时间：2022-11-28
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用k-mer分析进行基因组调查：（五）用GCE分步实现
介绍GCE，用GCE的kmerfreq做基因组调查(genome survey)的k-mer频数统计，GCE的gce做基因组特征评估。
发布时间：2022-11-28