annovar与VEP对SNP进行位置注释

只是记录一部分上周用到的语句，更多的命令需要在github学习

通过电子邮件或安装包直接解压，不需要安装，放在文件夹下，直接使用命令行安装

#annovar tar -zxvf annovar.latest.tar.gz  #首先转换格式，对all samples转换参数如下： perl convert2annovar.pl -format vcf4 data/meta_SNP.vcf -outfile meta_SNP_input_test1 -allsample -withfreq -include  #注释 perl annotate_variation.pl -out ex1 -build hg19 meta_SNP_input humandb/  

conda create -n vep conda activate vep conda install -c bioconda ensembl-vep 

下载coche(下载速度慢，时间长)
http://ftp.ensembl.org/pub/release-106/variation/indexed_vep_cache/
百度云链接：
已上传至百度云
https://pan.baidu.com/s/1_oP02o6unyblzlzRdaqP_A
密码：bk6h

#need to compress by bgzip!!! otherwise the error occur bgzip Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa 

Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa.gz文件下载后需要通过bgzip压缩(先解压，再解压bgzip压缩）

tar xzf homo_sapiens_vep_106_GRCh37.tar.gz  vep -i meta_SNP.vcf --fork 2 -o vep_result.vcf --assembly GRCh37 --cache --cache_version 106 --dir /home/y/Desktop/SNP_VPE（下载cache的路径） --offline --fasta /home/y/Desktop/SNP_VPE/Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa.gz  --force_overwrite 

这两个软件有很多功能，但这次只用于注释SNP位置