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《iMeta》中国微生物组国际顶刊

• iMeta宏基因组&生物信息期刊-创刊背景及简介

• iMeta期刊顾问James M Tiedje当选中国科学院外国院士

• 报告视频录制：腾讯会议录制 肖像画中的特效

• 中国大陆SCIE收录期刊分析:多少本刊？发文多少？解决了多少内卷？未来在哪里？

• 微生物领域SCIE期刊分析(英美40本，中国大陆0本)

专注于微生物组数据分析

• 众筹编写《微生物组数据分析与可视化实战》——成为宏基因组百科全书的创始人(目录)

• 编者序：初衷、计划、要求、优势、目标和展望

• 111.Protein Cell：宏基因组数据分析实用指南

• 112.CMJ：人类微生物组研究设计、样本采集和生物信息分析指南

• 121.个人电脑搭建微生物组分析平台(Win/Mac)

• 122.Linux系统和Shell命令行简介，走上数据分析之路

• 123.R简介和统计绘图

• 211.Alpha多样性箱线图(样章，11图2视频)

• 212.样本量和测序深度Alpha多样性稀释曲线

• 213.维恩图和集合图(Venn&Upset)

• 221.Beta多样性PCoA和NMDS排序

• 222.Beta限制排序的多样性CPCoA/CCA/RDA/LDA

• 223.主成分分析PCA

• 231.菌群物种形成堆叠柱状图、弦图、词云

• 245.热图显示微生物组的物种和功能丰度或距离矩阵

• 246.三元图的应用与绘图实战

• 251.全网最简单的网络图画法，小白福音包学包会

• 252.体现组间差异OTU微生物网络图模块

• 341.基于高通量测序的微生物组研究技术简介

• 342.基于高通量技术的微生物组研究实验设计

• 343.微生物组研究写作的一般思路

• 西湖大学鞠峰组：环境宏病毒组学分析思路及常用工具

• 西湖大学鞠峰组:环境微生物宏基因组学实例及新发现

• ggClusterNet—-代码完成微生物网络的全内容

• Windows10安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS，生信软件使用方便，效率秒杀虚拟机

• 最新的影响因素

微生物组实验手册(MPB)》专着

• 125个单位联合完成了微生物组实验手册(Microbiome Protocol eBook)第1版

• 352名中国学者联合发布了微生物组实验手册

• MPB：北林张静等-丛枝菌根真菌(AMF)孢子、菌丝密度密度和侵染率的方法

• MPB：地大郭东毅等DNA提取方法

• MPB：西农焦硕组-土壤微生物响应环境变化的系统境阈值

• MPB：基于农科院牧医所赵圣国组GraftM物种注释功能基因

• MPB：农科院牧医院赵圣国组-微生物超高分子量DNA提取方法

• MPB：山大倪金凤组-培菌白蚁肠道簇虫分离与分子鉴定的方法

• MPB：沈阳生态研究所李琪组-土壤线虫群落DNA高通量测序提取、扩测序

• MPB：中大李文均沉积物中微生物的分离培养与鉴定

• MPB：崔杰组，上海巴斯德所-RNA病毒组和生物信息学分析

• MPB：中国科学院城环研究所杨军组-淡水浮游动物的采集和鉴定

• MPB：甘肃科学院祝英等药用植物地下茎内生真菌的分离、纯化和鉴定

• MPB：赵圣国组-微生物DNA、RNA提取蛋白质的方法

• MPB：林科院袁志林组-利用acdSf3/acdSr四引物快速鉴定生产ACC脱氨酶细菌

• MPB：遗传发展研究所白洋组-高通量分离培养和鉴定植物根系细菌

• MPB：清华杨云峰组-利用GeoChip环境微生物功能基因群落结构分析

• MPB：西农焦硕组-微生物生物地理研究方法

• MPB：湖南农大尹杰组-猪粪来源乳酸菌分离技术

• MPB：川农罗玉衡组-测量猪肠食糜和血清中短链脂肪酸浓度

• MPB：青岛大学苏晓泉组-使用Meta-Apo对16S校正扩增子微生物组功能信息

• MPB：南土所楚海燕组-利用分布模型绘制微生物分布图

• MPB：林科院袁志林组是一种简单的植物组织表面消毒装置

• MPB：林科院袁志林组-内生镰刀菌基因组染色体级别组装和注释

• MPB：林科院袁志林组-毛白杨根内生真菌互动系统建设方法

• MPB：搜索全球微生物组的整体结构和功能

• MPB：热泉高温细菌分离培养方法

• MPB：样本种植、取样和16S rRNA基因扩展子文库的制备方法

• MPB：中国科学院城环研究所杨军组-淡水浮游细菌群落采集、过滤和保存

• MPB：利用无菌植物和可培养细菌系统研究根微生物组的功能

• MPB：南京湖泊所王建军组-群落建设过程的定量指标-扩散-生态位连续体指数

• MPB：分离培养和形态学分析扬州大学王梦芝组-反刍动物瘤胃原虫

• MPB：使用QIIME 微生物组16分析S rRNA基因扩增子测序数据(视频)

• MPB：林业科学院袁志林组-树木共生真菌株纯化及快速鉴定方法

• MPB：湖南师范大学尹佳组-乳酸菌对酸和胆碱盐的耐受性

• MPB：基于中科院城环所的杨军组DNA宏条码水浮游细菌群落测序建库方法

• MPB：检测湖南师范大学尹佳组乳酸菌益生菌表面粘附能力

• MPB：从细菌基因组预测活性前噬菌体工具Prophage Hunter使用过程和常见问题

• MPB：基于高通量测序技术的丛枝菌根真菌多样性研究方法

• MPB：农业科学院田健、韩东飞等水稻根系互作功能微生物筛选方法

• PB：南农成艳芬组-瘤胃厌氧真菌代谢产物的检测方法

• MPB：扬大林淼组-瘤胃混合细菌连续传代培养技术

• MPB：扬大林淼组-瘤胃内容物样本中有机酸的定量分析 (高效液相色谱)

• MPB：陈同等-ImageGP在微生物组可视化中的应用 视频

• MPB：林科院袁志林组-原生质体法制备根系腐生型共生菌(伞菌目)单核化菌丝

• MPB：扬州大学王梦芝组-反刍动物瘤胃原虫与细菌微循环测定方法

• MPB：遗传发育所刘永鑫等-易扩增子：易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程

• MPB：亚热带生态所葛体达组-原位酶谱法高分辨率实时检测土壤微界面酶活分布

• MPB：亚热带生态所谭支良组-基于微生物成分数据的差异zOTU分析流程

• MPB：生态环境中心张丽梅组-植物微生物组DNA提取扩增及溯源分析(视频)

• MPB：微生物所东秀珠组-基于16S rRNA基因和基因组序列对细菌物种的初步鉴定

• MPB：白酒酒醅非破坏性连续采集与核酸提取

• MPB：中大魏泓组-无菌小鼠肠道粪菌移植(视频)

• MPB：北林袁峥嵘组-16S扩增子分析中常用软件及数据库应用现状

• MPB：南土所褚海燕组-小麦相关微生物的野外采样与样品保存

• MPB：南土所褚海燕组-小麦相关微生物的野外采样与样品保存

• MPB：上海交大肖湘组-海洋微生物的厌氧高压培养实验

• MPB：上海交大王风平组-海洋沉积物样品细胞提取及荧光显微镜计数法

• MPB：南京湖泊所王建军组-湖泊沉积物的野外采集方法

• MPB：南京湖泊所王建军组-溪流底栖附着生物膜的野外采集方法

• MPB：中科院生态环境中心邓晔组-从环境样本中提取高质量DNA-研磨加DNeasy试剂盒方法

• MPB：林科院袁志林组-巢式PCR检测植物组织痕量内生真菌的方法及其引物

• MPB：中农冯固组-研究菌丝际微生物互作的胡萝卜根器官-丛枝菌根真菌双重培养体系

• MPB：西农郑伟-土壤水稳性团聚体微生物组样品制备方法

• MPB：山大倪金凤组-白蚁肠道微生物样品收集与制备

• MPB：湖南师大尹佳组-乳酸菌的耐热实验

• MPB：中科院城环所杨军组-水体浮游植物采集与鉴定

• MPB：中科院城环所杨军组-基于DNA宏条形码的水体微型真核生物群落18S测序建库方法

• MPB：中农戴兆来组-猪肠道微生物样品的采集与核酸提取

• MPB：南农成艳芬组-瘤胃体外发酵过程中产气量与甲烷产量的检测

• MPB：南农金巍等-瘤胃甲烷菌的分离培养与保存

• MPB：南农韦中组-根际细菌产铁载体能力的高通量检测

• MPB：中农戴兆来组-猪肠道微生物的体外培养与功能研究

• MPB：中科院植物所杨文强组-莱茵衣藻遗传连锁分析方法

• MPB：中南大学刘学端、马丽媛组-基于16S测序和RT-qPCR的硫化矿物表面微生物群落组成分析

• MPB：山大倪金凤组-黄翅大白蚁后肠几丁质降解微生物的分离与培养

• MPB：中科院南土所褚海燕组-结构方程模型在土壤微生态中的应用

• MPB：南农成艳芬组-瘤胃厌氧真菌的分离培养与保存

• MPB：南农成艳芬组-瘤胃微生物体外发酵过程与注意事项

• MPB：华中农大谢卡斌组-CRISPR靶向消除16S-seq中植物序列的方法

• MPB：北大口腔陈峰、陈智滨等-口腔微生物组研究主要取样部位及方法

• MPB：华南农大王文策组-水禽粪便微生物移植技术(视频)

• MPB：中农冯固组-利用13C-DNA-SIP法示踪根际和菌丝际活性解磷细菌

• MPB：山大倪金凤组-白蚁肠道优势厌氧菌的分离与培养

• MPB：南农韦中组-植物根际土壤样品的非破坏性连续采集

• MPB：西湖大学鞠峰组-微生物群落定量宏基因组和宏转录组

• MPB：亚热带生态所谭支良、焦金真等-反刍动物瘤胃样品采集与保存

• MPB：新疆生地所李文均团队-盐湖微生物的分离培养及保藏方法

• MPB：林科院袁志林组-杨树根系-真菌互作体系构建方法

• MPB：扬州大学王梦芝组-反刍动物瘤胃原虫18S rRNA测序分析技术

• MPB：邓晔、王尚等-环境样本中的细菌总量测定—流式细胞法

• MPB：华南农大王文策组-水禽肠道食糜微生物脂多糖含量的检测

• MPB：湖南师大尹佳组-抑菌圈和药敏实验研究益生菌拮抗病原菌和抗生素敏感性的方法

• MPB：广东生态土壤所孙蔚旻组-DNA稳定同位素示踪与宏基因组单菌草图组装联用技术

• MPB：南农韦中组-根际细菌便利和竞争互作类型和强度的研究方法

• MPB：林科院袁志林组-枫香-真菌互作培养体系构建

• MPB：张云增、王年等-柑橘根际和根表微生物组样品的收集及核酸提取方法

• MPB：林科院袁志林组-栎类外生菌根形态学特征描述

• MPB：林科院袁志林组-提取杨树人工林土壤微生物菌体细胞的4种方法

• MPB：军科院杨瑞馥、毕玉晶等-培养组学方法优化(视频)

• MPB：中科院微生物所蔡磊组-运用可培养组技术开展难培养真菌的分离和鉴定

• MPB：中科院城环所苏建强、朱永官等-功能基因高通量定量方法

• MPB：中科院微生物所蔡磊组-基于扩增子数据的系统发育树的构建和展示

• MPB：中科院生态环境中心邓晔等-细胞内融合基因技术 (epicPCR) 测定功能类群多样性

• MPB：中科院生态环境中心邓晔组-环境样本中原核生物的总量测定

• MPB：中科院东北地理所王光华组-锁核苷酸PCR解析植物内生细菌多样性方法

• MPB：北大口腔陈峰、陈智滨等-口腔常见微生物的培养方法

• MPB：南农韦中组-铁载体对根际细菌互作效应的介导作用研究方法

• MPB：扬州大学王梦芝组-反刍动物瘤胃原虫样品采集及计数方法

• MPB：山大倪金凤组-白蚁肠道木质纤维素降解细菌的分离与培养

• MPB：生态环境中心韩丽丽等-土壤病毒组富集及DNA提取

• MPB：深大李猛组-基于PacBio SMRT三代测序的红树林沉积物真菌群落的研究

• MPB：南农韦中组-根系分泌物调控土壤微生物群落结构和功能的研究方法

• MPB：南农韦中组-根际细菌群落资源利用网络的研究方法

• MPB：南土所冯有智组-基于微量热曲线的微生物群落代谢特征分析

• MPB：西湖大学鞠峰组-微生物群落RNA稳定同位素探针技术 (RNA-SIP)

• MPB：中国地大侯卫国组- 针对热泉原位培养矿物的低质量DNA提取方法

• MPB：林科院袁志林组-野外树木根系取样及根际土收集操作规程

• MPB：中农彭静静等-土壤宏转录组样本制备

• MPB：山大倪金凤组-黄翅大白蚁肠道放线菌的分离与培养

• MPB：中国农科院李玉中组牧草种子内生真菌的分离、鉴定与保存方法

• MPB：浙大王谦等-反刍动物消化道微生物CAZymes基因资源的挖掘与功能分析

• MPB：上交大王风平组-沉积物、岩石样品总DNA提取

• MPB：宁大张德民组-对虾养殖系统微生物组样品的采集与制备

• MPB：南土所褚海燕组-土壤宏转录组学样本前处理与数据分析

• MPB：微生物所王军组-人类肠道病毒粒子富集及纳米孔测序

• MPB：浙大王佳堃组-幼龄反刍动物粪便DNA提取及注意事项

• MPB：微生物所蔡磊组-基于二代测序的真菌基因组组装和注释

• MPB：浙大王谦组-菌酶一体化重组酵母工程菌的设计与构建

• MPB：韩东飞、郝光飞等细菌转录组分析样品制备方法

• MPB：南土所褚海燕组-非靶标代谢组测定土壤可提取有机碳组分

• MPB：山东农大高峥、周波等-尾菜堆肥微生物组样品取样方法

• MPB：华中师大谢波组-微生物非标记定量蛋白质组学样品制备方法

• MPB：微生物群落构建过程的空间可视化方法

• MPB：猪胃肠道内容物和黏膜样品采集与微生物组成分析

• MPB：EGFP荧光标记大肠杆菌的构建

• MPB：西湖大学鞠峰组微生物群落胞内胞外吸附胞外游离水环境DNA的分离提取

• MPB：中科院深圳先进院戴磊组小鼠粪便样本中短链脂肪酸的定量检测

• MPB：基于BIOLOG的微生物群落功能分析

• MPB：中科院深圳先进院戴磊组小鼠粪便样本中16S拷贝数的定量检测

• MPB：东林牛犇组玉米根系简化细菌群落的定量与其生物防治效果的评价方法(视频)

• MPB：浙大王佳堃组瘤胃微生物移植(视频)

• MPB：原核微生物群落随机性和确定性装配过程的计算方法

• MPB：青岛大学苏晓泉组分享基于分类学和系统发育的宏基因组比较DMS算法

• MPB：中科院王光华组土壤和水体环境T4型细菌病毒g23基因多样性研究

• MPB：窖泥样品采集与核酸提取

• MPB：河湖着生硅藻样品采集、永久玻片制作及鉴定

• MPB：上海交大肖湘组分享基于基因芯片的海洋微生物转录组学分析技术

• MPB：随机宏基因组测序数据质量控制和去宿主的分析流程和常见问题

• 微生物组实验手册：中科院、北大和清华等52家单位的74个团队的153篇方法正在创作中

• 微生物组实验手册计划正式启动、诚邀同行共同打造本领域方法百科全书

• 实验室管理好助手——Bio-lab

学术报告录播、PPT分享

• 75分钟入门微生物组数据分析和结果解读—刘永鑫(合肥，2021年6月23日)

• 青年生命科学论坛报告：扩增子和宏基因组数据分析与可视化流程—刘永鑫(北京210606)

• 宏基因组数据分析的机遇与挑战—刘永鑫(北京，2020年12月8日)

• 刘永鑫：20分钟讲解微生物组数据分析与可视化实战

• 南京袁军/文涛ISME：基于大数据整合准确预测土壤的枯萎病发生

• 北生院王金峰Gut：时序微生物组数据重现生物膜装配的动态过程 PPT+视频

• 西湖大学鞠峰：环境微生物宏基因组学(报告视频+PPT,11月23日)

• 2020年12月8日中科院刘永鑫报告：宏基因组数据分析的机遇与挑战

• 扩增子和宏基因组数据分析流程和可视化方案—刘永鑫(南京，2020年10月27日)

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会议、专刊、招聘

培训会议

• Nature会议：驾驭植物微生物组(21年10月22-24，在线，优惠截止9月24日)

• 6月4-6日，第三届青年生命科学论坛

• 6月20-23日，合肥，土壤生物多样性与生物化学过程研讨会

• 7月23-25日，微生物组-扩增子16S分析第12期

• 7月30-8月1日，高级转录组分析和R语言数据可视化第12期

• 8月20-22日，微生物组-宏基因组分析

• 上传数据，直接分析，这才是真正的生物云

专刊征稿

• mSystems和Microbiology Spectrum杂志“肠道微生态专题”论文征稿

• Medicine in Microecology：医学微生态中的大数据专刊征稿(宁康、苏晓泉)

• Medicine in Microecology：母婴微生物组专刊征稿(陈廷涛、王金锋)

• JOVE征稿：植物微生物组学方法专刊(牛犇、韦中、高峥、王蒙岑)

• SEL专题征稿：Microplastics in agroecosystems

• JoVE微生物组专刊征稿，写方法拍视频教程发SCI

• 《微生物学报》“微生物大数据资源”专刊邀稿函

• 生物工程学报-微生物组测序与分析专刊

• 生物工程学报-“微生物与生命健康”专刊征稿通知

人才招聘

• 华南师范大学生命科学学院汪肖云教授团队招聘青年英才和博士后

• 南京医科大学陈连民组招收博硕士研究生(肠道微生物与心血管代谢健康方向)

• 香港中文大学Center for Gut Microbiota Research招聘启事

• 中山大学左涛组(IF>10的文章15篇)博士后招聘年薪35万

• 中山大学附属第一医院精准医学研究院魏泓组招聘启事

• 中国科学院武汉植物园环境基因组学杨玉义组招聘科研人员

• 福建农林大学朱方捷组招聘讲师/副教授/助理——生信分析方向

• 加州大学河滨分校门玉洁课题组招收博士生两名——环境微生物方向

• 南方科技大学宋毅课题组招聘启事

• GPB科学编辑招聘启事

• 南科大海洋系侯圣伟组博后招聘(视频)

• 中农王金锋组诚聘微生物组学方向博士后

• The Innovation: 青年编委招募

• 中科院城环所朱永官组博后招聘

• 纽约伊坎医学院房刚组诚聘博士后: 表观基因组, 宏基因组, 精准医疗

• 华岩资本—微生物领域项目投递通道

• 北京大学吴华君课题组多组学数据分析方向博士后和技术员招聘启示

• 国内三代测序头部企业-武汉希望组生物科技有限公司急招

• 中科院昆明植物所李爱荣组诚聘博士后—根部半寄生植物的根际过程及调控机理

• 深圳先进院赵国屏课题组2021年博士后招聘启事

• 曹晓风研究组诚邀国内外优秀青年人才加盟

• 北京大学北京天然气水合物国际研究中心招聘生信博后

• 中科院动物所王关红组昆虫微生物组学招聘助研、博后和助理

• 金龙鱼母公司(新加坡丰益国际)院士团队招聘宏基因组数据分析科学家

• 香港中文大学Center for Gut Microbiota Research招聘启事

• 中国农大-瓦大国际合作微生物组方向博士生项目

• 金秋十月正当时，未知君招人啦！

• 予果招募令

• 中科院微生物所高程组招聘助研3名(正式编制)

• 农科院环发所张西美课组招聘博后和科研助手(土壤微生物生态学)

• 中国医学科学院王辰院士组招宏基因组方向博后40万/年

• 南方科技大学Medi-X研究院-环境健康平台博士后招聘

• 南京农大王保战组环境微生物招聘博后

• 中山大学丁涛组博后及副研招聘-微生物组学方向

• 中科院微生物所高程组博士后招聘-真菌组与生态功能的研究

• 北京大学口腔医学院陈峰课题组微生物方向招聘博士后

• 西湖大学郑钜圣组招聘博士后-人类肠道微生物、多组学整合、生物信息交叉学科方向

• 中科院北京生科院赵方庆团队招聘人体微生物组方向特别研究助理

• 浙大蒋超组招聘博后和技术员：环境暴露组和微生物组

• 哈佛医学院刘洋彧组诚聘博后-微生物组学方向

• 德国波恩大学于鹏组根系与微生物互惠方向招收博士研究生

• 华中农大津田賢一组招植物微生物组、生物信息方向博士后 2

• 西湖大学鞠峰团队招聘“土壤微生物组学”与“高通量基因组-培养组学”2名博士后

• 南科大翟继先组招聘，博士生8万+，博后34万+

• 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组

• 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物

• 北京市农林科学院植环所植物病害综合防治研究室招聘微生物组学、计算生物学

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• 生信服务器推介，助力科研

• 微生物16S测序数据的正确打开方式

• 多快好省的宏基因组研究技巧

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• Nature Microbiology：火眼金睛，肠道菌群绝对定量分析擒“真凶”！

• 天昊16S扩增子绝对定量测序项目文章登陆《Bioresource Technology》

• 天昊生物16S扩增子绝对定量测序项目文章再次登陆《Science of the Total Environment》

• 天昊生物16S扩增子绝对定量测序技术助力客户登陆Science of the Total Environment

• 天昊Accu16S细菌绝对定量测序项目登陆顶级环境杂志《Journal of Hazardous Materials》

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• 论文返修与校对的经验教训

• 如何制作高质量的图文摘要（Graphical Abstract）

• 谷歌学术上网和查文献、引用、作者和领域分析指南

• 研究生新生进入实验室后，如何成长？5点建议分享

• 张启发院士的肺腑之言，值得每一位硕士/博士细细品读！

• Nature子刊：你想成为生物信息学家？

• SCI论文投稿全程模板

• 10篇一作SCI博士的走心分享—宏组学研究之“道”

• 985助理教授与二本教授哪个水平高？

• 清华生命院长王宏伟专访：面对这些情况，要勇于说“不”

• 从博后到PI的十个建议

• Nature：好导师的16个标准

• 研究生，导师不是你的保姆

• 关于肠道菌群研究的7大事实和5大倡议

• 这篇文章说出了研究生和导师的相处真谛

• 研究生应锻炼的24种能力

• 要不要读博，以及读博后如何顺利毕业并找到理想工作？五个最接地气的忠告

• Nature：给博士研究生的四条箴言Four golden lessons，颜宁推荐

• 为什么我参加了那么多学术会议依旧一无所获？

• 终极大招——怎么在学术会议上有所收获？

• AI学习教程 1基本图形绘制 2模式图 3排版 画冠状病毒

• PPT绘制示意图视频+文字版本-一篇就学会

• 如何优雅的提问

• 我的生物信息之路

• 我的挣扎 与 TBtools 的开发

• 公众号搜索方法大全

• 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号

• 文献阅读 1GeenMedical 2SCI-HUB

• 生信编程模板  Perl  Shell  R

• 生物信息之程序学习

• 论文Figures，你不能不知道的秘密

• 图表色彩运用原理的全面解析

• 原始数据极速上传NCBI SRA教程

• 中国核酸数据库GSA数据提交指南 扩增子16S实例 宏基因组实例

• 国家微生物科学数据中心微生物组学数据汇交指南：可提交文章附件

• Endnote X8云同步：有网随时读文献

• Excel绘图新高度-EasyCharts

• 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide

• Windows10远程桌面Ubuntu

• 想发高分论文的同学看过来，这里有10分的杂志和主编可以了解一下！

• 为何新刊物Microbiome影响因子这么高？主编Jacques Ravel教授来告诉你

• SCI论文写作1.论文的三段式结构 2.引言的逻辑解析

• PDF编辑处理 压缩PDF文件大小满足上传要求

软件流程

• 陈程杰、夏瑞：数据分析工具TBtools介绍和操作视频+公众号/社群

• Graphpad绘图初学 生物统计绘图进阶

• TBtools - 超过一万人在使用的生信小工具

• BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式

• STAMP——微生物组间差异统计分析 简明教程 中文帮助文档

• FUNGuild：真菌功能注释

• 在线RaxML构建系统发育树

• MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级

• Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达

• psRobot：植物小RNA分析系统  

• RepeatMasker：基因组重复序列注释

• 基因组注释 1重复序列 2非编码和编码基因 3功能注释Prokka

• Canoco5绘制漂亮的DCA或CCA图

• 一个细菌基因组完整分析脚本

• 结构方程模型（SEM）的理论和基本实现过程

• 使用结构方程模型需要知道的那些事（理论篇）

• 高通量数据中批次效应的鉴定和处理

软件基础必学系列

• Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网

• 玩转花式截图、录屏——FastStoneCapture使用指南

• Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼

• Conda软件安装：虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移

• 软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全

• 数据的质量控制软件——fastQC

• 整合QC质控结果的利器——MultiQC

• 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp

在线软件

• 越来越多杂志用webp存储图像，这个工具可以在线转成PNG

• 图片质量低怎么办？这个网站很不错！

• 推荐一个可能是最全的Venn图一站式绘制工具

• 高颜值免费在线SCI绘图工具增加上传功能

• 国家微生物科学数据中心推出免费一站式生物信息分析云平台

• 在线差异基因分析 (支持自动和指定批次校正)

• 微生物组数据库: 一站式环境基因组学数据云平台更新啦！

扩增子分析

• 价值130欧元的《微生物组分析Microbiome Analysis》2018版电子书

• 价值1143元的《R语言统计分析微生物组数据》系列图书

• 再读《数量生态学：R语言应用》

• 微生物组领域近十年最重要的8个软件或算法

扩增子教程

• 扩增子16S分析专题研讨论会——背景介绍

• 扩增子图表解读-理解文章思路

• 扩增子分析流程-把握分析细节

• 扩增子统计绘图-冲击高分文章

• 16S功能预测 0概述   1KO通路PICRUSt  2元素循环FAPROTAX  3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun Tax4Fun2

• PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍 NBT文章解读 软件使用

• CHM：FishTaco将样本功能同对应的微生物联系起来，得到功能改变的驱动因子

• 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA  2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归

• Nature Method：Rob Knight团队开发Striped UniFrac算法分析微生物组大数据

QIIME2教程(2021.2)

• NBT：QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台

• 1简介和安装Introduction&Install

• 2插件工作流程概述Workflow

• 3老司机上路指南Experienced

• Genome Biology：人体各部位微生物组时间序列分析

• 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures

• 5粪菌移植分析练习FMT

• Microbiome：粪菌移植改善自闭症

• 6沙漠土壤分析Atacama soil

• mSystems：干旱对土壤微生物组的影响

• 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse

• Cell：肠道菌群促进帕金森发生ParkinsonDisease

• 8差异丰度分析gneiss

• 9数据导入Importing data

• 10数据导出Exporting data

• 11元数据Metadata

• 12数据筛选Filtering data

• 13训练特征分类器Training feature classifiers

• 14数据评估和质控Evaluating and controlling

• 15样品分类和回归q2-sample-classifier

• 16纵向和成对样本比较q2-longitudinal

• 17鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch

• 18序列双端合并read-joining

• 19使用q2-vsearch聚类OTUs

• 20实用程序Utilities

• 21进化树推断q2-phylogeny

• 22命令行界面q2cli

• 23图形界面q2studio

• 24Python命令行模式Artifact API

• 25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins

• 26开发新插件DevelopingPlugin

• 27语义类型Semantic

• 28社区Community

• 29参考数据库DataResources

• 30补充资源SupplementaryResources

• 31名词Glossary

• 32如何写方法和引用Citing

易生信-扩增子教程

• 01-背景介绍

• 02-真菌引物选择

Webserver在线分析平台

• 这个Venn 网络很漂亮！3分钟带你绘制！

• 微生物组网页工具MicrobiomeAnalyst——教你零基础开展微生物组数据分析和可视化 Nature子刊：官网教程中文版、 实操教程、  NAR：原文解读

• NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台

• NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库

• METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求

• SILVAngs:16S/18S在线分析1  2

• 微生物组数据库（http://egcloud.cib.cn）正式上线

• MetaCoMET——核心微生物组分析在线工具

相关软件和数据库教程

• 扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core

• 制作RDP数据库的USEARCH版本用于扩增子物种注释

• 扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档

• Nature Methods：快速准确的微生物来源追溯工具FEAST Phyloseq格式使用实战 原版代码实战

• SourceTracker—微生物来源分析

• LEfSe分析简介
  简化美化LEfSe分析结果图 LEFSe优化结果和配色版 视频教程

• DADA2中文教程v1.8

• 微生物扩增子数据库大全

• NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库

• MER： 基于ITS区域marker扩增真菌群落的准确性

• MIMOSA2： 基于微生物组和代谢组数据的整合分析

• 方差分解分析 (VPA)：定量不同环境因子对群落变化的解释比例

• FungalTraits: 超越FUNGuild的最新真菌表型数据库

宏基因组分析

• 微生物组常用数据库国内备份站

高分文章和图书推荐

• 一文读懂宏基因组分析套路

• Springer发表第二版“宏基因组学”研究最新指导书

• Nature综述：2万字带你系统入门鸟枪法宏基因组实验和分析

• 1综述、MetaPhlAn2、Kraken、MetaMaps、HUMAnN2、MEGAHIT、MetaWRAP和宏表观组

• 2综述、metaSPAdes、IDBA-UD、MetaQuast、Prokka、metaProdigal

• 3宏基因组定量、功能注释和高级分析代码

软件评测和简介

• Cell：20种宏基因组学物种分类工具大比拼‘

• Nature子刊：刘洋彧、Rob Knight等评测不同宏基因组物种定量方法及其对结果的影响

• mSystems：鸟枪法宏基因组测序之外我们还能做什么

• 青岛能源所提出微生物组相似度新算法DMS

• 方法革新：8个宏基因组分析新工具

教程系列

• 2016加拿大宏基因组分析教程

• 1简介-定义、方法和数据库

• 2扩增子-微生物群落多样性

• 3PICRUSt功能预测

• 4宏基因组物种组成和分箱

• 5宏基因组功能数据库与通路

• 6宏转录组流程和功能 BBI：Eran Elinav组综述在微生物组研究中使用宏转录组

• 7挖掘微生物组生物标记

• 4500元的微生物组培训资料

• 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

• GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架

• 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析

• 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下

• 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组

• Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架

有参分析Read-based

• MetaPhlAn2基于多标记基因的宏基因组物种组成定量 文章解读 软件使用

• HUMAnN2基于UniRef数据库的功能定量 1文章解读 2软件教程 3有参分析流程

• Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件

• 宏基因组序列物种分类之kraken 1/2和Bracken的使用

• Kraken2：宏基因组快速物种注释神器

• 宏基因组注释和可视化神器MEGAN入门

无参Assembly-based

• 1背景知识-Shell入门与本地blast实战

• 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

• 3组装拼接MEGAHIT(多快好省)和评估quast

• MEGAHIT：通过简洁的de Bruijn图为超大型复杂宏基因组拼接的超快速单节点解决方案

• metaSPAdes：新型多功能宏基因组拼接工具

• IDBA-UD：组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据

• MetaQuast：评估宏基因组拼接

• 4基因注释Prokka Prokka：快速原核基因组、宏基因组基因注释 Prodigal：原核基因识别和翻译起始位点鉴定  metaProdigal：宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测

• 5基于Kmer比较数据集sourmash

• 6不比对快速估计基因丰度Salmon Salmon不比对快速宏基因组基因定量

• 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

• 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin

• 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o

• 10绘制圈图-Circos安装与使用

物种/功能注释数据库

• Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展

• WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具

物种注释

• TaxonKit：小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具 JGG | TaxonKit：一款实用又高效的NCBI分类学数据工具包

eggNOG

• EggNOG功能注释数据库在线和本地使用 eggNOG 5数据库介绍

KEGG

• KEGG在线数据库使用攻略

• KEGG功能注释工具 KofamKOALA 安装与使用

• kofamscan：基于HMM模型注释KEGG通路

CAZy糖代谢

• NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因

CARD抗生素抗性/耐药基因

• Microbiome：城市海滩和污水中抗生素抗性组研究

antiSMASH

• antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测  

• NAR：antiSMASH数据库2—次级代谢物基因簇预测

• 抗生素抗性基因研究进展PPT分享

• 列举一些分析次级代谢物基因簇相关的数据库

分箱/MAG专题

• Nature子刊：宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程

• Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署  实战和结果解读

• NBT：宏基因组”读云”10X建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组

• DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组

• 一文读懂宏基因组binning

• GTDB：基因组分类数据库，物种注释和进化树构建工具GTDB-tk

• CheckM——细菌基因组/MAG完整性和污染率评估

• MaxBin2——高效的分箱工具

统计分析及可视化

• Krona绘制物种或功能组成圈图

• microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram

• Nmeth：DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率

• curatedMD包挖掘宏基因组公共数据库

细菌基因组

• 一文搞定细菌基因组De Novo测序分析

• EZBioCloud：16S和原核基因组物种注释和新种鉴定

• drep：微生物基因组快速去冗余-文章解读+帮助文档+实战

• 微生物分类学研究利器：模式微生物基因组数据库

• Nature子刊：细菌和古菌从域到种的完整分类

• NAR：中科院微生物所发布全球模式微生物基因组测序计划进展

• NC：中科院微生物所陈义华组发现新颖的聚酮类化合物起始机制

• 微课堂：MUMmer——国家微生物科学数据中心云工具

研究热点

绝对定量

• 细菌绝对定量的方法总结

• 微生物绝对定量研究知多少

参考基因(组)集

最新文章

• NBT2020：涵盖20多万个基因组的人体肠道微生物参考基因组集

• NBT2020：5万个基因组和1.2万个新种的地球微生物基因组集

• NBT：牛瘤胃微生物组的4941个宏基因组组装基因组(MAG)

高分和功能挖掘

• Nature2019：人类肠道菌群的新蓝图

• Cell2019：15万人体微生物基因组！超大规模宏基因组研究揭示数千计人体微生物新物种

• Cell2019：Tara2.0基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组

• Cell子刊2019：人类微生物组参考基因集中的单体基因

培养组

• NBT：人类肠道培养细菌的1520个基因组

• NG：微生物如何适应植物的？ 细菌基因组适应植物的特征

历史经典

• NC2018：全球柑橘根际微生物组的结构和功能

• PNAS2016：土壤氮循环微生物功能特征的全球生物地理学

• NBT2014：人类微生物组千万基因的参考基因集

• Nature2010：基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集

病毒组

• Nature子刊：加州大学伯克利分校Banfield组发现某些淡水湖泊中的大噬菌体或能加速好氧甲烷氧化

• PhiSpy：在细菌基因组中识别噬菌体

• DBSCAN-SWA：一行命令找到溶源噬菌体

• 热点：3个故事概览突飞猛进的肠道病毒组研究

• Nature：梁冠翔等发现肠道病毒组在新生儿体内分段寄生的模式

• Cell子刊：人体肠道病毒组高度多样、稳定且个体特异

• QB：基于深度学习的病毒序列识别

• 病毒组研究的挑战-相关的新兴技术

• SCLS：巴斯德所崔杰组揭示海洋无脊椎动物RNA病毒的遗传多样

三代测序专题

• AS：中科院微生物所王军课题组建立靶向RNA的病原检测新方法mtNGS和mtTGS

• Nature 子刊：三代测序的DNA提取和宏基因组学分析

• NanoPlot：三代纳米孔测序数据质量评估

• NBT：宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS文章解读 软件使用

• Nature方法 | 三代长读长宏基因组组装软件metaFlye

• Nature子刊：三代Nonopore测序数据耐药性分析软件NanoOK RT

• Nature子刊：使用MinION快速分析早产儿肠道菌群谱并鉴定抗生素抗性致病菌

• Nature子刊：三代Nanopore测序检测细菌和菌群多种DNA甲基化类型的新方法

• NBT封面：纳米孔宏基因组6小时识别下呼吸道病原体

• 纳米孔测序揭示冻土冻融对土壤微生物群落变化的影响

• 2019新型冠状病毒Nanopore测序标准操作流程

• Medicine in Microecology：微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法

• 纳米孔宏基因组测序高分文章精选

• 面对万亿级测序市场，纳米孔测序技术何去何从？

新冠病毒专题

• JGG：COVID-19感染导致儿童上呼吸道和肠道菌群持续失衡

• Gastroenterology：住院期间COVID-19患者肠道菌群的变化

• Cell：无症状新冠患者阳性持续105天

• CEJ：西安理工赵亚乾组冠状病毒在水中传播特征、可能遏制策略与研究挑战

• The Innovation | 直接病原学证据：无症状患者可引起COVID-19传播

Linux与Shell

• seqkit：序列梳理神器-统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项全能

• Linux命令中21个不太好搜索其含义的特殊符号你都知道吗？

• Linux下为什么ls直接就可以运行，而你的程序要写./dir1/dir2/bin/bwa才可以

• 这个为生信学习打造的开源Linux教程真香！

• 生信人值得拥有的编程模板-Shell

• 生信人值得拥有的编程模板-Perl

• 手把手教你生信分析平台搭建

• Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows 专题教程：这个40M的小工具助你在windows下处理数据如虎添翼

• 开启win10内置Linux子程序

• Docker的基本使用-Ubuntu18.04

• linux 极简统计分析工具 datamash

• csvtk：表格处理神器-美化、统计、头表、合并、转置、筛选、取样、去冗余 、分列、分类汇总和简单绘图

• 文件批量重命名的技术，你值得拥有

• 耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？

• 推荐2个命令快速在本地和服务器之间上传下载文件

R统计绘图

• 这个神奇的网站r-graph-gallery提供各种图的代码供您参考！

R语言基础

• R语言中这些你想知道含义又不知道怎么查的特殊符号

• 利用conda管理R包

• 图之典—可视化图表的词典

• 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

• R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences

• 数据可视化基本套路总结

• R图转成Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

• 你知道R中的赋值符号箭头<-和等号=的区别吗？

• 使用dplyr进行数据操作30例

• 交集intersect、并集union、找不同setdiff

• R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换

• R最快且比dplyr最高效的大数据处理R包：tidyfst

• 字符串处理stringr包在微生物生态的应用基础

• 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）

• 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互

• 3数据筛选——提取对象的子集

• 4向量、矩阵的数学运算

• 5控制结构

• 6函数及作用域

• 7认识循环函数lapply和sapply

• 8分解数据框split和查看对象str

• 9模拟—随机数、抽样、线性模型

ggplot2绘图基础

• ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)

• 超详细的pheatmap热图绘制教程(5000余字)

• ggplot2地理信息可视化 上 下

• 1初识ggplot2绘制几何对象

• 2图层的使用—基础、加标签、注释

• 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布

• 4语法基础

• 5通过图层构建图像

• 6标度、轴和图例

• 7定位-分面和坐标系

• 8主题设置、存储导出

• 9绘图需要的数据整理技术

• ggThemeAssist：鼠标调整ggplot2主题，不用再记这些代码啦！

• 不需要懂得编程，但却可以使用ggplot2画出论文级别的图？esquisse

• ggplot版本的华夫饼图吧

R语言统计绘图

• 浅析R语言单因素方差分析中的多重比较

• 简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析

• 物种丰度排序堆积柱形图及处理间各物种差异分析

• 周集中团队Nature子刊中网络图布局的R语言可视化复现

• ggplot2版聚类树+物种丰度堆叠图

• R语言：快速生成许多差异明显的颜色

• 50个ggplot2可视化案例

• R语言大会：宏基因组数据分析和可视化套路总结

• 28个实用绘图包，总有几个适合你

• R语言学习笔记之热图绘制

• 获取pheatmap热图聚类后和标准化后的结果

• 聚类热图怎么按自己的意愿调整分支的顺序

• R做线性回归

• 绘图相关系数矩阵corrplot

• 相关矩阵可视化ggcorrplot

• 绘制交互式图形recharts

• 交互式可视化CanvasXpress

• 聚类分析factoextra

• LDA分析、作图及添加置信-ggord

锐单商城拥有海量元器件数据手册、IC替代型号，打造电子元器件IC百科大全！