2D结构没有H和低能量信息，需要生成低能量结构。我们在这里使用它LigPrep 模块操作

1. Use structures from 数据来源

2. Filter criteria file 结构过滤条件

3. Maximum ligand size：最大分子量，default：|500 |atoms

4. Force field：定义力场 default：0PLS4

5. Ionization：设置离子状态

   • Do not change 不改变
   • Neutralize 中和
   • Generate possible states at target pH：7.0 | /-|2.0 根据给定条件
     Using:
     - Ionizer 免费的模块
     - Epik default （需要额外License）（1）Add netal binding states 小分子和金属离子(2)Include original state 输入结构包含输出结构
   • Desalt 排除输入文件中可能存在的其他离子，如水分子和反粒子
   • Generate tautomers 产生最多8个相同烯醇、硫氮、组氨酸、DNA碱基互变异构

6. Stereoisomers 立体异构体部分

• Computation：
  • Retain specified chiralities（vary other chiral centers）不改变输入文件结构的手动信息
  • Determine chiralities from 3D structure 直接从3D在结构中获取手动信息
  • Generate all combinations 生成所有信息
• Generate at most：32 per ligand
• For SD V2000 input，generate enantiomers if the chiral flag is 0

7. Output format: 输出文件格式

   • Maestro
   • SDF

8. Job nane：运算名字 default :|ligprep 1| Run