用python来玩lammps【环境设置篇】【其实是小白求交流】

我成功地设置了两个晚上(其实根本不需要纠结)lammps动态库，可以从Python里面调用lammps写code了！

python因为代码简单，语言非常活跃，所以在phd第一年修了一个计算物理，就是用Python教。下课后，我一直想学以致用。

其实也因为Python很火，lammps的doc如何交互使用已经写好了。

但介于我是linux小白，还是纠结了很久。ubuntu14.04，bash shell

按照doc里面11.3 建一个共享的lammps的库

1.先去lammps里面的src文件夹

我的话是：

cd Desktop

cd lammps-14May16

cd src

当你在src您可以在文件夹中使用它make command了。

make foo mode=shlib 这里的foo这是你的机器类型，我在这里ubuntu

所以我输入的是:

make ubuntu mode=shlib

上述指令将在您的文件夹中建立liblammps_ubuntu.so file，与软连接 liblammps.so

2.设置环境变量

事实上，我还不太清楚环境变量是否必须设置。因为我置了第一天晚上，但结果没有成功运行

第二天做了第三步，然后成功了。

但无论如何，环境变量的设置也是一个非常常见的问题。

上面1提到的liblammps_ubuntu.so 和在lammps／python下面找到的 lammp.py 所有的文件都很关键。

我们希望python知道在哪里找到lammps的库（liblammps_ubuntu.so），所以告诉他们一个寻找的位置

官方给出的例子如下: 如果是用csh or tcsh shells,在 ~/.cshrc file加上以下两句话。

setenv PYTHONPATH ${PYTHONPATH}:/home/sjplimp/lammps/python

setenv LD_LIBRARY_PATH ${LD_LIBRARY_PATH}:/home/sjplimp/lammps/src

然后我的是bash shell，不知是不是ubuntu就是这样

所以，其实对应的是 .bashrc file

这个文件

您在命令行中输入

ls -al

这个文件的踪迹可以在里面找到。

vi .bashrc

我知道进入这个文件的唯一方法是…

因为看似特殊文件，一般不显示

但结果进去后，我看不懂。。。所以我不敢在里面乱改。

后来找到了添加环境变量的方法

输入env

你可以看到你所有的环境变量

然后输入

export PYTHONPATH=$PYTHONPATH :/home/Desktop/lammps-14May16/python

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH :/home/Desktop/lammps-14May16/src

此时您再次输入env

可以发现添加了这些环境变量

然后别忘了输入

source ～/. bashrc

让你的环境变量生效。

(我写在这里，不能再坚持写了。…）

突然发现设置的环境变量现在不见了！

上述方法似乎不是永久有效的

还得改文本！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！

3.但介于上述发现，

没有环境变量也没关系

还有一种方法！

直接去跑install.py 就好了！

跑到lammps下面的python文件夹

python install.py

跑完没报错的话

直接测试

from lammps import lammps

lmp=lammps()

输出你的lammps版本

LAMMPS（14 May 2016）

If you use the python/install.py script, you need to invoke it every time you rebuild LAMMPS (as a shared library) or make changes to the python/lammps.py file.

注意，在这种情况下，每次重建lammps？（什么叫rebuild lammps啊），

你必须重新操作。

没关系，只要你能跑！

我只有这样的最低要求。

写完之后，我发现我真的在寻求交流。了解环境变量是为了什么，我觉得很神奇~

继续奋斗，希望以后继续写，怎么写？python里面玩lammps～

共勉@求教